К 1998 году в результате череды конфликтов от Югославии остался огрызок в виде Малой Югославии, включавшей Сербию (с Косово) и Черногорию.
В январе 1998 года Армия освобождения Косово начала нападения на мирных жителей и полицейские патрули на территории автономного края.
28 февраля 1998 года она провозгласила начало вооружённой борьбы за независимость края. Тогда же произошло первое серьезное столкновение между вооружёнными албанцами и силами югославского МВД в районе Дреницы. Этот район считался «вотчиной» радикальных сторонников АОК.
В ходе полицейской операции был убит один из лидеров АОК Адем Яшари.
Этот инцидент привлёк внимание международной общественности к конфликту и стал причиной его интернационализации.
Уже в марте 1998 года Совет безопасности ООН ввёл военные санкции против Югославии. В этом бою были убиты несколько десятков членов АОК, силы МВД также понесли потери.
Вплоть до апреля 1998 года силы югославской армии в лице дислоцированного в крае 52-го Приштинского корпуса дистанцировались от боевых действий. Однако с началом атак албанцев на военные объекты они были вовлечены в бои. В апреле часть армейских подразделений приостановили повседневную боевую подготовку, провели мобилизацию личного состава и начали принимать участие в операциях против АОК. В этот период также начались нападения на югославские пограничные заставы.
Весной 1998 года большую часть операций по уничтожению повстанцев вели силы югославской полиции. С увеличением частоты столкновений армия привлекла к участию в боях силы военной полиции, а сводные отряды полиции были усилены бронетехникой.
В рамках 52-го корпуса было создано несколько групп быстрого реагирования, которые состояли из 5—15 единиц бронетехники и зенитных самоходных установок, а в роли пехоты выступали бойцы МВД. Кроме того, боевые группы начали создаваться в бригадах корпуса, их число постоянно росло вплоть до начала бомбардировок Югославии силами НАТО. Кроме сводных отрядов полиции в автономный край были отправлены также силы специального назначения.
Весной—летом 1998 года численность АОК росла. В начале мая силы МВД близ Джяковицы были атакованы группой уже из 200 человек. В связи с ростом числа атак и численности бойцов АОК армия была вынуждена применять бронетехнику и артиллерию. В начале июня силы армии и полиции предприняли операцию по ликвидации формирований АОК в окрестностях Дечан и Джяковицы.
Район боев был закрыт для представителей прессы, однако в сообщениях журналистов говорилось о «настоящей войне между террористами и полицией». Участие армии в боях возросло, так как армейское командование посчитало, что полиция не может самостоятельно справиться с повстанцами.
25 июля силы армии и МВД предприняли крупную операцию против АОК в районах Дреницы и по всей Метохии.
Она продолжалась до 29 сентября. В момент ее начала до половины территории края контролировалось членами АОК, чья численность в районах операции, по югославским оценкам, достигала 20 000 бойцов.
Югославским силовикам удалось нанести поражение повстанцам, после чего их активность в этих районах была существенно снижена.
Конфликт в Косове сопровождался систематическим нарушением прав человека и к осени 1998 года стал причиной около 1000 жертв и появления более 230 000 албанских беженцев среди гражданского населения региона.
На протяжении всего 1998 года страны НАТО усиливали давление на Белград с целью вынудить его прекратить военные действия в Косове и Метохии.
23 сентября 1998 года Совет безопасности ООН принял резолюцию под номером 1199, призывающую стороны к прекращению огня.
24 сентября НАТО приступил к планированию воздушной кампании против Югославии, чтобы принудить Белград к миру.
13 октября Совет НАТО отдал приказ о начале операции в течение 96 часов. Югославские власти уступили, и 15 октября под эгидой НАТО было заключено перемирие в Косове, предполагавшее отвод югославских армейских частей в места постоянной дислокации. Перемирие вступило в силу 25 октября.
Мониторинг перемирия НАТО осуществляло в рамках операции «Eagle Eye». По мнению сербской стороны, во время данной операции велась разведка состояния и позиций югославской армии.
Однако перемирие оказалось неэффективным, насилие над мирным населением продолжалось. В январе 1999 года югославские армия и полиция возобновили операции против АОК.
Непосредственным поводом для вмешательства НАТО в конфликт стал инцидент в Рачаке, когда во время атаки на удерживаемую бойцами Армии освобождения Косова деревню югославские силы, по утверждениям западных наблюдателей, казнили 45 албанцев.
Югославские власти утверждали, что албанцы в Рачаке погибли в бою. 30 января НАТО пригрозило авиационными ударами по территории СРЮ в случае, если её руководство продолжит отказываться от переговоров с косовскими лидерами.
В феврале под эгидой Контактной группы (страны НАТО и Россия) прошли переговоры между югославскими властями и косовскими албанцами в замке Рамбуйе под Парижем. Переговоры закончились безрезультатно.
18 марта США и Великобритания представили на рассмотрение проект урегулирования, предусматривавший полную политическую автономию края, ввод войск НАТО на его территорию и вывод оттуда югославской армии и сил МВД.
Кроме того, в проект соглашения был включён пункт об утверждении окончательного статуса Косова спустя три года «волей народа», что для югославской делегации было неприемлемо. Также вывод югославских сил расценивался сербами как сдача края албанским сепаратистам. Проект был принят албанской стороной, но отвергнут югославской стороной и Россией. 23 марта югославская делегация согласилась принять политическую часть предложения, но отказалась позволить войскам НАТО занять Косово и Метохию. В тот же день вечером НАТО приняло решение начать военную операцию, чтобы заставить Югославию принять проект целиком.
ООН внимательно отслеживала ситуацию в Косове и Метохии, однако её санкции на интервенцию не последовало. Резолюция ООН, осуждавшая действия НАТО как агрессию, собрала только три голоса «за» (Россия, Намибия и КНР) при голосовании в СБ ООН. С другой стороны, критики интервенции подтверждают, что военные действия НАТО против суверенной страны — Югославии — без санкции Совета Безопасности ООН явились нарушением устава ООН и международного права.
В период с 24 марта по 10 июня 1999 года была проведена военная операция НАТО против Союзной Республики Югославия - Operation Allied Force, Операция «Союзная сила».
Бомбардировки Югославии силами НАТО начались 24 марта и закончились 10 июня 1999 года.
Под ударом оказались как военные объекты, так и гражданская инфраструктура.
По информации властей СРЮ, за время бомбардировок общее число погибших гражданских лиц составило свыше 1 700 человек, в том числе почти 400 детей, порядка 10 тысяч были серьёзно ранены. Без вести, по данным ООН, пропал 821 человек, большинство из которых — сербы.
Бомбардировки были прекращены после подписания Военно-технического соглашения в Куманове между представителями югославской армии и стран НАТО.
Причиной интервенции войск НАТО была названа волна этнических чисток в регионе (впоследствии Международный трибунал по бывшей Югославии подтвердил ответственность югославских служб безопасности за преступления против человечности в отношении албанского населения Косова, однако уже после начала операции НАТО).
В течение марта — июня 1999 года Косово покинули, по данным UNHCR, 848 100 албанцев, из которых 444 600 человек осели в Албании, а 244 500 человек оказались в Македонии. Таким образом АОК получила возможность набрать дополнительные силы из числа косовских беженцев в Албании.
К концу марта 1999 года АОК удалось мобилизовать из этого контингента до 20 тыс. человек, вооружив их стрелковым оружием китайского производства.
В начале марта 1999 года югославские силы начали наступление и к началу апреля того же года смогли захватить большинство позиций АОК. Однако полностью подавить албанское сопротивление югославской стороне не удалось: силы АОК продолжали вести партизанскую войну в некоторых горных и лесных районах края.
Кроме того, на протяжении конфликта происходили стычки в полосе албанско-югославской границы.
В апреле 1999 года АОК взяла пограничный караул «Кошары», но была остановлена югославскими частями и иностранными добровольцами. Попытки продвинуться вглубь Косова, предпринятые в мае того же года при поддержке авиации НАТО, были отбиты. В апреле 1999 года югославские силы вступили на территорию Албании и заняли село Каменица (около города Кукес).
В ночь на 12 июня 1999 года десантники российских миротворческих сил, опередив войска НАТО, вошли на территорию Югославии. Перед выдвижением техники надписи IFOR были заменены на KFOR.
Командовал сводным отрядом будующий президент Ингушетии, на тот момент майор Юнус-Бек Евкуров
Марш-броском из Боснии и Герцеговины они заняли аэродром Слатина близ Приштины.
Через несколько часов туда же прибыли и подразделения других иностранных армий.
Хотя командующий силами НАТО в Европе американский генерал Уэсли Кларк приказал британскому генералу Майклу Джексону, командовавшему группировкой на Балканах, захватить аэродром раньше русских, британец ответил, что не собирается начинать Третью мировую войну.
Результатом операции НАТО было завершение Косовской войны. Контроль над регионом перешёл к силам НАТО и албанской администрации.
Прошли этнические чистки среди сербского населения Косова и Метохии.
После ввода миротворческих сил НАТО по Косову прокатилась волна убийств и уничтожения сербских религиозных и культурных объектов. С июня по декабрь 1999 года край покинуло до 200 000 сербов, черногорцев, цыган и т. д.
В результате операции была завершена Косовская война.
Контроль над регионом перешёл к силам НАТО и международной администрации, которая затем передала большинство полномочий структурам этнических албанцев.
Это вторая крупномасштабная военная операция НАТО (первой стала Операция «Обдуманная сила», против войск боснийских сербов в Боснии и Герцеговине в 1995 году).