В 1998 году несколько японских рыбацких судов в южной части Тихого Океана, неподалёку от островов Французской Полинезии, подверглись нападению загадочного хищника.
Эти события привлекают внимание правительств США и Франции. Чтобы разобраться, что это за чудовище, к расследованию привлекли сотрудника комитета ядерного контроля доктора Ника Татопулоса, который до этого 3 года исследовал гигантских дождевых червей-мутантов в окрестностях Чернобыля.
Татопулос исследует следы загадочного чудовища в Панаме и других местах, после чего становится ясно, что оно постепенно приближается к побережью Японии.
Чудовище выходит из воды в районе острова Хоккайдо и оказывается, что это гигантская ящерица-игуана несколько десятков метров высотой, с тремя рядами шипов на спине и способная передвигаться на двух задних конечностях.
Ящер нападает на Саппоро, сея разрушения и смерть.
Население срочно эвакуируют, и начинаются попытки нейтрализовать Годзиллу силами японских солдат.
Ник Татопулос становится главным экспертом по Годзилле и предлагает выманить его при помощи нескольких грузовиков с рыбой. Уловка сработала, и Годзилла выходит из укрытия.
Однако военные недооценили это чудовище. Годзилла вырвался из окружения, уничтожил один танк, два джипа и три вертолёта, затем, ловко уклоняясь от пуль и снарядов, скрылся.
Татопулосу удалось найти образец крови Годзиллы, изучив который он выясняет, что Годзилла — гермафродит, а, значит, в любой момент может размножиться. Уберечь эту сенсационную новость от вездесущих журналистов и репортёров ему не удалось, и Ника отстраняют от изучения Годзиллы.
Тем временем между Годзиллой и военными происходит очередная схватка, в которой Годзилла получает контузию.
Военные решают, что он погиб, и прекращают атаку.
Тем временем лётчики атакуют Годзиллу и обстреливают его ракетами.
От полученных ранений Годзилла погибает. Все жители Японии празднуют победу над Годзиллой.