Независимость Южного Судана была провозглашена на основании референдума по вопросу о самоопределении, состоявшемся 9-15 января 2011 года. В ходе плебисцита 98,83% жителей южных районов Судана высказались за выход из состава Судана и создание независимого государства.
Проведение референдума было предусмотрено Всеобъемлющим мирным соглашением, подписанным правительством Судана и лидерами повстанческой Народно-освободительной армии Судана (НОАС) 9 января 2005 года в Найроби (Кения).
Подписание этого документа положило конец гражданской войне, продолжавшейся с 1983 года, в которой повстанческие отряды из южных районов Судана, населенных исповедующими христианство либо традиционные верования народами нилотской языковой группы (динка, нуэр, шиллук и др.), а также народами группы банту, требовали права на самоопределение и отделения от арабо-мусульманского Севера.
Новое, 54-е, государство на Африканском континенте появилось спустя полгода после проведения референдума.
Его первым президентом стал Сальваторе Киир Маярдит (Салва Киир), избранный на выборах президента автономного региона Южный Судан в апреле 2010 г.
Пост вице-президента занял Риек Машар Тени, также участник гражданской войны и один из наиболее авторитетных полевых командиров НОАС.
В соответствии с конституцией переходного периода, вступившей в силу одновременно с провозглашением независимости, был также создан законодательный орган власти - двухпалатный парламент. Верхняя палата - Совет штатов - была составлена из 20 бывших представителей Юга в Совете штатов Республики Судан и 30 представителей, назначенных президентом.
В нижнюю палату - Национальную законодательную ассамблею - были включены 170 депутатов, избранных на региональных выборах в 2010 году, 96 депутатов, представлявших южные округа в Национальной ассамблее Судана, а также 66 депутатов, назначенных президентом из числа представителей пяти политических партий (всего 332 депутата). Переходный период был учрежден сроком на четыре года. За это время должна была быть разработана новая постоянная конституция, и в соответствии с ней - проведены всеобщие демократические выборы.
По условиям мирных соглашений в состав Южного Судана были включены территории трех южных провинций Судана в их границах 1956 года - Бахр-эль-Газаля, Экватории и Верхнего Нила.
Помимо этого, при подписании соглашений 2005 года оговаривалось проведение референдума о самоопределении некоторых приграничных районов Севера, населенных преимущественно нилотскими народами.
В частности, лидеры НОАС заявляли претензии на территории штатов Южный Кордофан и Голубой Нил, которые, по их мнению, должны были быть присоединены к Южному Судану.
Особый интерес у соперничающих сторон вызывал богатый нефтью район Абьей штата Южный Кордофан.
По оценкам экспертов, в Абьее сосредоточены до 65% всех разведанных нефтяных месторождений Судана. В июле 2009 года Международный арбитражный суд в Гааге (МАС) вынес решение относительно административных границ района Абьей, признав юрисдикцию Судана над большей его частью, включая нефтяное месторождение Хеглиг, но одновременно ограничив территорию спорного региона с 18,5 до 10 тыс. кв.км. Обе стороны обязались выполнять решение МАС до окончательного урегулирования конфликта.
Вопреки достигнутым в 2005 году договоренностям референдум о самоопределении Южного Кордофана проведен не был. Главной причиной его срыва центральные власти Судана назвали "отсутствие времени для подготовки".
В мае 2011 года, накануне провозглашения независимости Южного Судана, спор вокруг Абьея снова спровоцировал эскалацию вооруженного конфликта.
В ответ на обстрел войсками южан конвоя суданских вооруженных сил и миротворцев ООН, правительственная армия Судана начала штурм Абьея с использованием танков и авиации.
Под давлением СБ ООН власти Судана согласились вывести свои подразделения из Абьея, а 20 июня лидеры северян и южан подписали соглашение о создании в районе демилитаризованной зоны, после чего туда были направлены Временные силы ООН по обеспечению безопасности в пограничном районе Абьей (ЮНИСФА).
Миротворческий контингент был составлен из 4,2 тыс. эфиопских солдат и полицейских (впоследствии их число было доведено до 5,3 тыс.). Для управления спорным районом была создана временная администрация, в которую вошли представители обеих соперничающих сторон.
Напряженность на границе двух государств сохраняется до настоящего времени. Общее количество жертв конфликта с 2011 года, по оценкам экспертов, превышает 4 тыс. человек. Около 50 тыс. человек покинули места своего проживания.
В 2013 году, помимо конфликта вокруг Абьея, гражданская война разгорелась на территории самого Южного Судана.
Она была спровоцирована расколом в руководстве Народно-освободительного движения Судана (НОДС, преобразована из НОАС по окончанию войны за независимость) на группировки сторонников президента Салвы Киира, принадлежащего к этнической группе динка, и вице-президента Риека Машара, представляющего в правительстве народ нуэр.
4 июля 2013 года Машар впервые открыто заявил о своих президентских амбициях и намерениях участвовать в выборах, проведение которых было запланировано на 2015 год.
23 июля президент Киир освободил своего заместителя от занимаемой должности и отправил в отставку правительство. Бывший вице-президент признал, что его отставка была осуществлена в соответствии с конституцией, и обратился к своим сторонникам с призывом сохранять спокойствие и не провоцировать власти на репрессии. Однако в декабре того же года Машар, сохранивший пост заместителя председателя НОДС, при поддержке авторитетных членов партии выступил с критикой в адрес Киира, обвинив его в авторитаризме и стремлении к установлению личной диктатуры.
Спустя девять дней в столице Джубе вспыхнули бои между соперничающими группировками, которые быстро приняли характер межэтнических столкновений и перекинулись на штаты Джонглей и Юнити, затем - Верхний Нил и Озерный (названия штатов до административно-территориальной реформы 2015 года).
16 декабря Киир обвинил Машара в подготовке вооруженного захвата власти и приказал арестовать 11 его сторонников, среди которых были и бывшие члены правительства. 19 декабря Машар взял на себя командование мятежными боевыми группами и призвал НОАС отстранить Киира от должности президента.
Уже за первый месяц гражданской войны ее жертвами стали более тысячи южносуданских граждан, в том числе мирные жители.
Самые ожесточенные бои между проправительственными силами и фракциями мятежников развернулись за контроль над центрами штатов Юнити и Джонглей - Бентиу и Бором, которые несколько раз переходили из рук в руки.
Международные наблюдатели сообщили о многочисленных военных преступлениях, совершенных обеими сторонами в ходе конфликта.
13 мая 2014 года генеральный секретарь ООН Пан Ги Мун обратился с просьбой к СБ ООН рассмотреть вопрос о создании специального трибунала для расследования преступлений против человечности, совершенных за время конфликта в Южном Судане.
Неоднократно устраивавшиеся по инициативе международного сообщества переговоры между воюющими сторонами регулярно срывались.
Лишь в августе 2015 года Киир и Машар согласились подписать окончательный вариант мирных соглашений, разработанный экспертами группы международных посредников, работавших в формате "ИГАД плюс".
Помимо представителей ИГАД (Межправительственный орган по вопросам развития), в нее вошли представители ООН, Африканского союза, Евросоюза, США, Великобритании, Норвегии и Китая. Документ предусматривал создание коалиционного правительства национального единства, представительство оппозиции в территориальных администрациях, демилитаризацию столицы Джубы, а также меры по обеспечению безопасности мирного населения.
Полномочия президента Киира были продлены до окончания переходного периода, сроком на 30 месяцев со дня вступления в силу мирных соглашений.
26 апреля 2016 года Машар вернулся в столицу Джубу и принял присягу первого вице-президента. Переходное правительство национального единства, включающее в себя представителей вооруженной оппозиции, было сформировано через два дня.
В ночь на 8 июля 2016 года в Джубе возобновились массовые столкновения. Сильная стрельба также раздавалась у резиденции президента Южного Судана в столице Джубе.
10 июля представитель вице президента Риека Мачара заявил о том, что Южный Судан погрузился в войну.
В тот же день военные, верные президенту Киире, атаковали с вертолётов и танков резиденцию вице-президента Машара (Мачара). Сам Риек Мачар не пострадал, так как находится за пределами страны.
СБ ООН дважды за два последних дня осудил возобновление столкновений в столице Южного Судана и выразил готовность отправить дополнительные войска миротворцев.
11 июля очевидцы сообщили о возобновление столкновений в столице страны.
В результате столкновений противоборствующих сторон в охраняемом лагере для беженцев ООН погибли 8 человек, ещё более 50 получили ранения. C 20:00 в силу вступает режим перемирия. Изначально о нём в одностороннем порядке сообщил президент Южного Судана, а затем и вице-президент. После этого в Южном Судане установилось относительное спокойствие. Итог вспышки насилия в июле 2016 года — более 270 погибших, в том числе 33 мирных жителя и 2 миротворца ООН; 36 тыс. жителей (по предварительным оценкам ООН) покинули свои дома.