К началу 1943 года стратегическая обстановка на кавказском направлении советско-германского фронта была благоприятной для окружения и полного разгрома крупной немецкой группировки на Северном Кавказе.
Войска Сталинградского фронта (1 января 1943 года переименован в Южный фронт) в результате успешного развития событий в битве под Сталинградом к началу 1943 года вышли на рубеж Лозной — Приютное, создав угрозу тылам немецкой группировки на Кавказе.
Это обстоятельство вынудило Гитлера разрешить командованию группы армий «A» спланировать мероприятия по подготовке отхода с тем условием, что они не ослабят силу сопротивления.
Замысел операции советского командования заключался в том, чтобы согласованными ударами войск Южного и Закавказского фронтов с северо-востока, юга и юго-запада расчленить и разгромить главные силы группы армий «A», не допустив её отхода с Северного Кавказа.
1 января 1943 года войска Южного фронта перешли в наступление на ростовском и сальском направлениях.
Немецкая 1-я танковая армия, стремясь избежать окружения, под прикрытием сильных арьергардов начала отходить в направлении на Ставрополь.
3 января перешли в наступление войска Северной группы Закавказского фронта (44-я армия, 9-я армия, 37-я армия, 4-й гвардейский Кубанский казачий кавалерийский корпус, 5-й гвардейский Донской казачий кавалерийский корпус и 4-я воздушная армия).
Преследуя противника, 58-я армия овладела Моздоком и совместно с соединениями Северной группы начала преследование противника на всем 320-километровом фронте. Однако немецкие соединения сумели оторваться от советских войск. Этому способствовало то обстоятельство, что преследование началось с опозданием на двое суток и осуществлялось без должной решительности и организованности.
Управление соединениями нарушилось, части перемешались. За трое суток войска Северной группы продвинулись на некоторых участках лишь на 25—60 км. Развивая преследование, соединения Северной группы при поддержке 4-й воздушной армии к середине января освободили города Георгиевск, Минеральные Воды, Пятигорск и Кисловодск.
Из-за не очень успешного наступления советской армии немцам удалось организованно отойти на укреплённый рубеж обороны по рекам Кума и Золка, где с 8 по 10 января войскам Северной группы пришлось вести упорные бои.
Лишь 21 января 44-я армия при поддержке партизан освободила Ставрополь.
23 января конно-механизированная группа вышла в район Сальска, совершив 200-километровый бросок, где соединилась с подошедшими частями 28-й армии Южного фронта.
24 января Северная группа войск была преобразована в Северо-Кавказский фронт, который получил задачу — войсками правого крыла (44-я, 58-я армии и конно-механизированная группа) развивать удар на Тихорецк, станицу Кущёвская, нанести поражение отступавшим частям немецкой 1-й танковой армии и во взаимодействии с частями Южного фронта овладеть Батайском, Азовом и Ростовом-на-Дону.
Немецкое командование, пытаясь избежать окружения своих войск, бросило против Южного фронта части 4-й танковой армии группы армий «Дон».
Сил Южного фронта для успешного выполнения операции и окружения немецких частей оказалось недостаточно. Тем временем, войска 37-й армии, преодолевая упорное сопротивление противника, начали обход Краснодара с севера, и к 4 февраля вышли на рубеж 30—40 км северо-восточнее Краснодара в районы Раздольная, Воронежская. Войска Северо-Кавказского фронта почти вплотную приблизились к Азовскому морю в районах Новобатайска, Ейска и Ясенки.
Силам Черноморской группы (46-я армия, 18-я армия, 47-я армия, 56-я армия, 5-я воздушная армия) Закавказского фронта тоже не удалось перегруппироваться и перейти в наступление в срок.
11—12 января на вспомогательном направлении из района северо-восточнее Туапсе перешли в наступление ударные группировки 46-й и 18-й армий. Немецкой 17-й армии удалось отразить первоначальные атаки. Успешнее развивалось наступление 56-й армии — за семь дней боёв она прорвала немецкую оборону в районе Горячего Ключа и, продвинувшись на 30 км, вышла на ближние подступы к Краснодару.
Для того, чтобы не дать уйти немецким войскам в Крым через Керченский пролив, Ставка ВГК приказала Черноморской группе Закавказского фронта главными силами овладеть Новороссийском и освободить Таманский полуостров, а правофланговыми соединениями выйти в район Краснодара.
29 января был освобождён Майкоп. К 4 февраля войска Черноморской группы вышли на рубеж реки Кубань и в район станицы Усть-Лабинская.
В целом немецким войскам удалось избежать окружения и отойти в западную часть Краснодарского края и в район севернее Ростова. Несмотря на это, результаты Северо-Кавказской операции имели большое политическое значение. Были сорваны планы немецкого командования на дальнейшее наступление на Кавказе, на которое оно теперь не имело сил.
В начале февраля советское командование поставило перед своими войсками новые задачи и провело перегруппировку войск. 44-я армия и конно-механизированная группа были включены в Южный фронт, а Черноморская группа войск передана Северо-Кавказскому фронту. Оставшиеся войска Закавказского фронта получили задачу охранять Черноморское побережье, советско-турецкую границу и руководить войсками в Закавказье и Иране. Северо-Кавказский фронт получил задачу разгромить краснодарско-новороссийскую группировку немецких войск.
С 26 января по 6 февраля 47-я советская армия безуспешно пыталась прорвать немецкую оборону, с целью овладения Новороссийском.
Для помощи сухопутным войскам 4 февраля силами Черноморского флота в районе Новороссийска был высажен морской десант. В ходе ожесточённых боёв плацдарм был расширен до 28 кв. км, и на него были выброшены дополнительные подразделения, в том числе 18-я армия.
Войска Южного фронта 7 февраля перешли в наступление с целью овладения городами Батайск и Ростов-на-Дону.
К утру 8 февраля был освобождён Батайск, а соединения 28-й советской армии вышли на левый берег Дона. Планируя окружить немецкие войска в районе Ростова-на-Дону, советское командование выдвинуло в обход города с северо-востока 2-ю гвардейскую и 51-ю армии, а с юго-запада — 44-ю армию и конно-механизированную группу. Немецким войскам удалось избежать окружения и отойти на заранее укреплённую позицию на линии р. Миус (см. Миус-фронт). 13 февраля советские войска вошли в Ростов.
9 февраля войска Северо-Кавказского фронта перешли в наступление на Краснодар. Наибольшего успеха в первые дни наступления добилась 37-я армия, которой удалось сломить обороняющегося противника и создать угрозу его войскам под Краснодаром. 12 февраля силами 12-й и 46-й советских армий был взят Краснодар.
Немецкое командование начало отводить свои войска на Таманский полуостров, одновременно при поддержке авиации нанося контрудары по советским силам, из которых сильнее всего пострадала 58-я армия. Советский флот и авиация пытались полностью парализовать связь между немецкими соединениями на Таманском полуострове и в Крыму, однако выполнить эту задачу не удалось. Во второй половине февраля сопротивление немецких войск, основу которых составляла 17-я армия, резко возросло.
23 февраля силы Северо-Кавказского фронта предприняли новое наступление, однако оно не принесло ожидаемого результата. С 28 февраля до 4 марта войска 17-й немецкой армии при поддержке авиации предприняли сильные контратаки, особенно в полосе 58-й армии, и частично сумели оттеснить её. Удары советских 37-й и 9-й армий вынудили немцев в ночь на 9 марта начать отход на подготовленный рубеж обороны.
В ходе преследования отступавшей 17-й армии советские войска овладели важными узлами обороны и к середине марта вышли к новому оборонительному рубежу немецких войск в 60—70 км западнее Краснодара, но прорвать его не смогли. 16 марта войска Северо-Кавказского фронта перешли к обороне и начали подготовку новой наступательной операции с целью разгрома немецких войск на Таманском полуострове.
Немецкое командование создало мощный узел обороны в районе станицы Крымская. Сюда были дополнительно переброшены ранее находившиеся в резерве две немецкие пехотные и румынская кавалерийская дивизии. Не имея достаточных сил для удержания таманского плацдарма, немецкое командование рассчитывало сорвать готовившееся наступление советских войск с помощью сил авиации. Для этой цели на аэродромах Крыма и Таманского полуострова было сосредоточено до 1 тыс. боевых самолётов 4-го воздушного флота. Сюда были переброшены дополнительные силы авиации с других фронтов.
4 апреля войска Северо-Кавказского фронта перешли в наступление, однако сразу же наткнулись на упорное сопротивление немецко-румынских войск. Особенно сильные удары наносила немецкая авиация. Пользуясь временным затишьем 17 апреля, крупная немецкая группировка перешла в наступление с целью ликвидировать советский плацдарм в районе Мысхако и уничтожить 18-ю армию. Для отражения наступления советское командование привлекло крупные силы авиации — были дополнительно привлечены в этот район части 8-й и 17-й воздушных армий.
С 17 по 24 апреля в небе над Кубанью разыгралось крупное авиационное сражение, которое выиграла советская авиация. Воспользовавшись победой в воздухе, части 18-й армии к 30 апреля восстановили положение в районе Мысхако.
С начала апреля по май советские войска продолжали проводить атаки с целью разгрома группировки противника на Таманском полуострове. Войска 56-й армии 4 мая освободили станицу Крымская — важный узел коммуникаций на Таманском полуострове. В начале июня советские войска по указанию Ставки перешли к обороне, так и не выполнив до конца поставленной задачи.
Летом 1943 на кубанском участке наступило затишье. С целью удержания Таманского плацдарма немцы возвели оборонительный рубеж — т. н. «голубую линию». Бои на «голубой линии» продолжались с февраля по сентябрь 1943 года.
Общая численность Таманской группировки немецко-румынских войск, в которую входила 17-я армия и часть сил 1-й танковой армии, достигала 400 тыс. чел.
4—15 февраля 1943 г. проведена десантная операция в районе Новороссийска.
Её целью было содействие войскам, наступавшим севернее. Основной десант намечалось высадить в районе Южной Озерейки, демонстративный (вспомогательный) — на западном берегу Цемесской бухты, в районе предместья Новороссийска — Станички. Высадку десантов обеспечивали корабли Черноморского флота.
Авиационное обеспечение возлагалось на ВВС Черноморского флота (137 самолётов) и 5-ю воздушную армию (30 самолётов). В ночь на 4 февраля 1943 г. началась высадка десанта в намеченных районах. Однако из-за сильного шторма высадить основной десант в полном составе в районе Южной Озерейки не удалось.
Более успешно развёртывались события в районе высадки вспомогательного десанта: отряд Цезаря Куникова успел занять небольшой плацдарм в районе Станички.
Вместе с войсками на плацдарм высадились партизаны из новороссийской группы партизанских отрядов под командованием секретаря Новороссийского горкома ВКП(б) П. И. Васева. Демонстративный десант стал основным.
Плацдарм был расширен до 4 км по фронту и до 2,5 км в глубину, впоследствии он получил название «Малая земля» (участок местности на западном берегу Новороссийской (Цемесской) бухты и южной окраине Новороссийска), где с 4 февраля по 16 сентября 1943 г. советские войска вели героические бои. На плацдарме, по свидетельству очевидцев, не было «ни метра площади, куда бы не свалилась бомба, не упала мина или снаряд».
Успешное наступление советских войск на Украине весной 1943 поставило таманскую группировку вермахта в тяжёлое положение.
3 сентября 1943 года Гитлер дал приказ на вывод войск с Кубани. Эвакуация продолжалась до 9 октября. Несмотря на все усилия Красной Армии помешать этому, через Керченский пролив в Крым было переправлено 260 тыс. солдат, 70 тыс. лошадей, вся техника, артиллерия и запасы продовольствия. Оставить пришлось лишь фураж для лошадей. Выведенные с Тамани войска были направлены на оборону Перекопских перешейков Крыма.
Советское наступление началось в ночь на 10 сентября высадкой морского десанта в Новороссийском порту. Части 18-й армии перешли в наступление восточнее и южнее города.
В ночь на 11 сентября был высажен второй эшелон десанта. В этот же день перешли в наступление войска 9-й армии, наносившие удар на Темрюк, а 14 сентября — войска 56-й армии, действовавшие на центральном участке фронта. 15 сентября в Новороссийске соединились восточная и западная группировки 18-й армии, на следующий день город был полностью освобождён.
К 9 октября 56-я армия овладела всей северной частью полуострова и вышла к Керченскому проливу. На этом полностью завершились бои на Кавказе.
В целом второй этап сражения на Кавказе стал довольно успешным для советских войск.
Были полностью освобождены Краснодарский край, Калмыкия, Чечено-Ингушетия, Северная Осетия, Кабардино-Балкария, Ростовская область, Ставропольский край, Черкесская АО, Карачаевская АО и Адыгейская АО.
Под контроль советского правительства были возвращены нефтяные промыслы Майкопа, а также важнейшие сельскохозяйственные районы страны.
После возвращения советской власти на Кавказ по обвинению в массовом коллаборационизме и с целью ликвидации ещё действовавших в тылу антисоветских отрядов были полностью депортированы в Сибирь и Среднюю Азию следующие народы: чеченцы, ингуши, карачаевцы, балкарцы, калмыки. Автономии этих народов были ликвидированы (см. Депортация народов в СССР).
Победа в битве за Кавказ упрочила южный фланг советско-германского фронта, в ней было достигнуто тесное взаимодействие сухопутных войск с авиацией, флотом и партизанами. Тысячи солдат были награждены медалью «За оборону Кавказа», учреждённой Указом Президиума Верховного Совета СССР 1 мая 1944.
За умелое руководство войсками в ходе боёв за Кавказ и Кубань, 1 февраля 1943, командующий немецкими войсками на Кубани Э. фон Клейст был произведён в чин генерал-фельдмаршала.
В феврале 1943 года группой советских альпинистов из состава 46-й армии были сняты с вершин Эльбруса немецкие флаги и установлены флаги СССР (13 февраля 1943 года советский флаг был водружён на западной вершине группой под руководством Н. Гусака, а 17 февраля 1943 года — на восточной, группой под руководством А. Гусева).