Как и в других гитлеровских лагерях смерти, в Заксенхаузене существовала изощренная система пыток. За малейшую провинность следовало жестокое избиение резиновыми плетками, палками со стальной проволокой, подвешивание на столб цепями или веревками за вывернутые руки.
В Заксенхаузене были стационарный и передвижные крематории, газовые камеры, виселицы, пыточные камеры с орудиями смерти.
Лагерная тюрьма Целенбау была построена в 1936 году и имела Т-образную форму.
В восьмидесяти одиночных камерах содержались особые заключённые. Среди них первый командир Армии крайовой генерал Стефан Грот-Ровецкий, расстрелянный в Заксенхаузене после начала Варшавского восстания.
Здесь же находились некоторые руководители украинского националистического движения, такие как Степан Бандера, Тарас Бульба-Боровец, часть из которых была выпущена немцами на свободу в конце 1944 года. Заключённым этой тюрьмы был также пастор Нимёллер. В ней содержались и другие лица духовного сана (всего около 600 человек), государственные и видные политические деятели, высшие военные чины, а также деятели рабочего движения из Польши, Франции, Нидерландов, Венгрии, СССР, Чехословакии, Люксембурга и Германии. В настоящее время сохранилось лишь одно крыло тюрьмы, в пяти камерах которой находится постоянная выставка документов времён национал-социализма, рассказывающая о функционировании тюрьмы. В некоторых других камерах (генерала Грот-Ровецкого) установлены мемориальные доски узникам лагеря.
На узниках Заксенхаузена постоянно проводили испытания новых видов ядов, отравляющих веществ, в том числе газов, препаратов против ожогов, сыпного тифа, других травм и болезней.
Опыты по воздействию на людей химических веществ проводились только на советских узниках.
Например, на заключенных проверяли действие ядовитых газов, которыми уничтожают садовых вредителей. Чтобы определить дозу, смертельную для людей, эсэсовцы экспериментировали на согнанных в подвал людях, меняя дозу и наблюдая, когда наступит смерть.
Так называемый «тир», со стрельбищным валом, моргом и механизированной виселицей.
Последняя представляла собой механизм с ящиком, в который вставляли ноги узника, и петлёй для его головы. Получалось, что жертву не вешали, а растягивали, после чего упражнялись в стрельбе.
Еще один вид издевательств — испытание на прочность обуви, как предназначенной для экипировки солдат, так и гражданской. Узники-"топтуны" должны были целыми днями шагать по специальной дороге с острыми камнями и гравием, имея наполненный песком пудовый ранец за плечами. Мало кто выдерживал это.
Дорожка для обуви сохранилась, – сейчас там мемориальная стена.
C начала 1942 г. Германия стала испытывать острую нехватку рабочей силы, и Заксенхаузен был передан в ведение группы "Д" главного хозяйственного управления СС с целью максимально использовать труд узников, в числе которых были и евреи.
При этом, однако, предписывалось не забывать о главной цели — уничтожении как можно большего количества противников нацистского режима. Совмещение этих, казалось бы, несовместимых требований достигалось тем, что узников заставляли работать с утра до ночи в нечеловеческих условиях, а жить впроголодь в ожидании смерти.
Каторжный труд, холод, голод, болезни подкашивали людей — умирали тысячи. На территории Заксенхаузена также проводились медицинские эксперименты. Лагерь снабжал медицинские учебные заведения Германии анатомическими демонстрационными объектами.
Но в лагерь поступали все новые транспорты, где больше всего было русских и украинцев. Их заключали в концлагерь за побеги, саботаж, антигитлеровскую пропаганду. Вновь прибывшие узники использовались на самых тяжелых работах.
Специально отобранные заключенные, бывшие до войны художниками, типографскими и банковскими работниками, изготавливали фальшивые деньги, прежде всего, британские фунты и американские доллары. Это тайное производство называлось "Операция Бернхард".
В лагере содержалось до 60 тысяч человек, включая военнопленных. Среди них был и старший сын Сталина - Яков Джугашвили. По одной из версий, он погиб здесь в 1943 году - бросился на проволоку и был застрелен часовым как при попытке к бегству. По другой версии, он покончил жизнь самоубийством.
В лагерь были помещены и люди, совершившие неудачную попытку убить Гитлера, после следствия они были отправлены в Заксенхаузен.
В 1947 г. в Берлине состоялся судебный процесс по делу немецких военных преступников, в ходе которого были доказаны злодеяния эсэсовцев в Заксенхаузене. Правду о преступлениях и терроре в лагере эсэсовцы тщательно скрывали — разглашение каралось смертью. Но, несмотря на это и уничтожение документов, многие имена и события все же удалось восстановить. "Фюреры" лагеря были приговорены к длительным срокам тюремного заключения.
После освобождения концлагеря он использовался НКВД в 1945 – 1950 гг. как Особый лагерь №7, а с 1948 г. Заксенхаузен становится Спецлагерем № 1 – самым крупным лагерем НКВД в зоне советской оккупации Германии. Вплоть до закрытия лагеря в марте 1950 г. здесь содержалось в общей сложности около 60 тысяч человек, из которых как минимум 12 тысяч умерло от голода и болезней.
22 апреля 1961 г. был открыт музей «Заксенхаузен. Вначале строения лагеря не были включены в экспозицию. Вместо них были возведены специальные памятные сооружения, которые должны были символизировать «победу антифашизма над фашизмом». В музее использовались лишь отдельные объекты, имевшие отношение к истории лагеря.
Установлен памятник Советским воинам-освободителям.
