По поводу ВАИ 99 и других индексов, попробую объяснить упрощенно.
От ( почти) каждой части выделяется машина ВАИ для нужд гарнизона и регистрируется по гарнизону с №99 , для общих дежурств по горнизону,независимо от принадлежности ВЧ к министерству.А те ВАИ , что используются для внутренних нужд частей ( сопровождение коллон итд)
имеют обычные номера.Это теоритически , но практически на посту ВАИ может стоять машина с № не 99 , тк зарегистрированная по гарнизону с №99 сломалась .

А Вы полностью уверены в правильности написанного Вами? Вообще, как мне кажется, это выглядит так - если в гарнизоне есть штатная ВАИ, то у нее, как правило, есть и свой транспорт, который и должен регистрироваться под 99-м регионом, как мы установили, повсеместно. Дополнительно к штатной, а в гарнизонах, где штатной ВАИ нет, то обязательно, воинские части могут выделять автотранспорт для несения службы ВАИ в гарнизоне, так же, как выделяется для этой цели и личный состав от частей гарнизона. Такая техника не несет специальной окраски и на время несения службы в наряде ВАИ несет отличительный знак "Инспектор ВАИ". Эти машины несут ГРЗ с каким-угодно любым регионом, кроме 99-го.
Если в гарнизоне "каша", т.е. если там присутствуют воинские части различной подчиненности (разных видов ВС, например), то скорее всего, там ситуация такая же, как в Москве, где ВАИ гарнизона - это ВАИ комендатуры Москвы, которая подчиняется командованию МВО.
А вот к воинским частям других министерств это вряд ли имеет отношение, т.к. у них есть свои ВАИ.

Вы почти правильно написали, но одно добавление, если в гарнизоне одна большая часть, а в ней допустим, как в ВАшем примере с 23 регионе около 500 машин, то есть внештатная ВАИ, обходится без 99 региона и ее начальник, по штату например командир автороты является начальником НЕШТАТНОЙ ВАИ. И в азвисимости от своих амбиций или раскрашивает машину или не раскрашивает. А что касается функций ВАИ кроме административных (под административными я понимаю оформление документови работа с бумагами) ее функции прписаны в ОВУ ВС РФ.
И хотелось бы заметить: то что здесь пишется все на основании реальных фактов как оно есть в жизни. Без предположений и ссылок на ВЫсоких руководителей.

Все функции ВАИ - административные по определению, ибо это понятие гораздо шире просто "работы с бумагами". А то что Вы пишите случаи из жизни, это важно. Просто еще важнее знать, как должно быть, и как оно есть на самом деле. Этот подход методически более верен, так как дает более глубокое понимание вопроса.

Наши офицеры из ВДВ у которых 67 серия в г. Омске, патрулировали на Ниве ВАИ 99 серии. А ещё у нас есть ВАИ с 14, 15 номерами

Так и должно быть, А 14 регион это железнодорожники,
15 Внутренние войска-это отдельная песня

Ну, 15-й регион - это ВВ МВД РФ.
67-й регион у ВДВ везде, а патрулировать они могли, например, в порядке, предусмотренном Уставом - в качестве внештатных инспекторов ВАИ.

163й регион, фотка: http://www.migalki.com/confs/dm.php?confa=18&msg=1087

Сегодня видел 30-й военный регион. Это что? :o

Номера для тракторов и для тракторных прицепов не различаются?